（1）可能原因：与A或G蛋白无特异性结合。
解决方案:应采用预清除处理，即在加入抗体前，将裂解的样本与磁珠混合1小时然后分离使用。
（2）可能原因：染色质免疫沉淀所用缓冲液被污染
解决方案：裂解液和洗涤缓冲液要新鲜配制。
（3）可能原因：某些A或G蛋白磁珠本身会产生很高的背景。
解决方案：某些A或G蛋白磁珠会有很高的背景。要找到一个合适的供应商，所提供的产品应在非特异性对照样本中得到背景最低最干净的结果。

（1）可能原因：染色质片段过小。
解决方案:进行超声处理时，染色片段不要少于500 bp。太小的片段会使核小体脱离引致核小体DNA被消化掉。如果进行末端染色质免疫沉淀，通常酶消化法即能得到所需大小的染色质片段。
（2）可能原因：交联染色质免疫沉淀时细胞交联时间过长
解决方案：用甲醛交联10-15 min，然后用PBS洗净，接着需要加入甘氨酸以终止甲醛的作用。过度交联可能会降低表位的可结合度从而减少抗体的结合。
（3）可能原因：原材料不足。
解决方案：建议每个免疫沉淀反应用25 μg染色质。
（4）可能原因：免疫沉淀中抗体不足。
解决方案：建议开始时加入抗体量为3-5 μg。如果未检测到信号，可增加抗体量至10 μg。
（5）可能原因：特异性抗体结合受阻碍。
解决方案：在洗涤缓冲液里氯化钠浓度不要高于500 mM，否则浓度过高将阻碍特异性抗体结合。
（6）可能原因：细胞裂解不充分。
解决方案：建议用RIPA缓冲液来裂解细胞。
（7）可能原因：没有足够抗体凝聚在目标区域。
解决方案：目标区域无表位。应有阳性对照抗体，以确认操作过程无误，如H3K4me3用于活化的启动子，或者H3K9me3抗体用于异染色质位点。
（8）可能原因：有些单抗不适合做交联染色质免疫沉淀 。
解决方案：单抗识别的表位可能会在交联过程中被掩盖，而障碍位点识别。建议用多克隆抗体，可识别多个表位，这样就增加了免疫沉淀目标蛋白的几率。
（9）可能原因：用错了抗体亲和性磁珠 。
解决方案：A和G蛋白是细菌来源蛋白质，其对不同种的免疫球蛋白的亲和性不同。请使用特异性的亲和基质。建议使用混合好的A蛋白和G蛋白琼脂糖。

（1）反应后包括无模板的阴性对照在内均出现很高的信号。
解决方案：实时PCR所用试剂被污染。建议使用储备液来新鲜配制溶液。
（2）样品中无DNA扩增
解决方案：确认包括标准对照/抽样DNA在内的样本中引物均有效。