酵母双杂交和酵母单杂交系统与其他(生化)方法相比有几个优点和缺点，酵母杂交系统是在酵母中进行的，而不是在体内环境(除非使用酵母蛋白质)中进行。这既被认为是一个优势，也被认为是个劣势。缺点是需要进行后续分析以确定体内相关性/相互作用的结果。该系统的优点是它基本上不受环境限制:只要相互作用发生在酵母细胞核，该系统就可以检测在体内很难检测到的蛋白质间的相互作用，因为它们在低水平、组织特异性或暂时特定的方式表达的情况下(如在发育过程中或在生理条件下)即可检测。酵母杂交系统的其他优点还包括:检测双向PPI (Y2H)， 低亲和力或瞬时PPI和PDI (Y2HY1H)，使用Y2H鉴定相互作用区域和具体相互作用缺陷等位基因，使用Y1H鉴定TF结合位点，发现新的无DNA可识别结合域的TF。Y1H系统也不适于异源二聚体检测，其中一个重要的缺点是几个TF作为强制性的二聚体结合在一条 DNA上。然而，一般来说，Y1H可有效地检测到同源二聚体。