蛋白质晶体结构解析

蛋白质晶体结构解析

蛋白质及其复合物三维结构的测定是生物研究最重要的科学基础之一,蛋白质晶体学被广泛用于基于结构的新药设计和酶的分子设计和改造。同时可以根据结构改造蛋白的结构,并对小分子进行改造(同时提供小分子定制合成),提高其特性性和亲和力,后续还可以根据改造以后的小分子跟蛋白再做一些结构研究。
服务内容

1、 结晶条件筛选
2、 蛋白结晶、与配体共结晶
3、 三维结构解析:Se-MAD法和分子置换

服务流程
流程图
服务优势
一站式服务
一站式服务
一站式结构生物学服务,整个实验流程只需要提供基因序列,分步骤合理收费。
私人订制
私人订制
定制个性化服务,成立专项服务,专人跟进,定期汇报交流。
周期短
周期短
可以筛选小分子文库(比如Zinc数据库),获得潜在的相互作用的小分子并在以后的实验中验证。
保密性
保密性
客户独立知识产权,不要求任何形式的署名,不透露任何项目客户信息,保密协议专业。
交付内容

1.详细实验报告;
1.1 蛋白结晶:蛋白浓度;蛋白缓冲液;结晶方法;结晶温度;结晶条件。
1.2 数据收集:冻干保护剂;X-光光源类型;波长;检测器;数据处理软件。
1.3 相位解析:解析方法;软件名称。
1.4 建模及修正:软件名称。

2.蛋白质结构数据文件(.PDB文件)
说明:PDB (Protein Data Bank) 是一种标准文件格式, 其中包含原子的坐标等信息, 提交给Protein Data Bank at the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) 的结构都使用这种标准格式。

3.结构解析的过程中产生的.log, .sca, .mtz文件
说明:收集的原始数据为图片数据,解析结构的第一步就是处理数据。用hkl2000或者hkl3000将x-ray 收集的图像编译转化为数字信息,得到的关键文件有.sca和.log ,log文件会给出hkl2000/hkl3000 处理的过程记录,sca文件是最终处理的输出文件,包含晶体的空间群等信息,带有可以被转化为电子密度图的信息。评价hkl2000/hkl3000处理是否成功的参数有数据完整度,最高分辨率等,一般希望处理出在完整度允许的情况下最高分辨率的数据。因此,可以利用.sca和.log数据从头解析蛋白结构,对交付的结构数据进行验证。

4.提交数据到PDB
说明:PDB是一个专门收录蛋白质及核酸的三维结构数据的数据库。由Worldwide Protein Data Bank监管。PDB可以经由网络免费访问,是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威,各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的研究成果提交给PDB,同时他们也会对提交的数据进行验证。

5.wwPDB X-ray结构验证报告;
说明:PDB对提交的结构数据进行验证,并出具报告。

6.免费提供论文模板(结构生物学部分

FAQ

1、客户想得到的结构主要有哪些?

1)蛋白单体;
2)蛋白‐蛋白复合物(难度很大,需要有结合力/亲和力数据,最好nM 级别,分子筛验证其复合物均一性);
3)蛋白‐小分子复合物(需要有结合力/亲和力数据,最好 nM 级别);
4)蛋白‐DNA 复合物(难度很大,需要设计十几种不同的 DNA 来结合长结晶,工作量巨大)。

2、拿到结构后的用处?

1)找到蛋白重要氨基酸残基(或者于其他蛋白/小分子结合的重要氨基酸残基),分析相互作用机理,并通过突变验证通过突变研究不同位点对功能的影响;
2) 比对这个蛋白和其他物种已经报道过的结构,分析结合位点的差异,往往是导致特异性的来源;
3)虚拟配体筛选,找到潜在的蛋白的抑制剂/激动剂,测试功能,发现新的具有功能的小分子;
4)根据结构改造蛋白的结构,并对小分子进行改造,提高其特性性和亲和力,后续还可以根据改造以后的小分子跟蛋白再做一些结构研究。
5)可以筛选小分子文库(比如Zinc数据库),获得潜在的相互作用的小分子并在以后的实验中验证。