蛋白质晶体结构解析
蛋白质晶体结构解析
服务内容
1、 结晶条件筛选
2、 蛋白结晶、与配体共结晶
3、 三维结构解析：Se-MAD法和分子置换
服务流程
服务优势
一站式服务
私人订制
周期短
保密性
交付内容
1.详细实验报告;
1.1 蛋白结晶：蛋白浓度；蛋白缓冲液；结晶方法；结晶温度；结晶条件。
1.2 数据收集：冻干保护剂；X-光光源类型；波长；检测器；数据处理软件。
1.3 相位解析：解析方法；软件名称。
1.4 建模及修正：软件名称。
2.蛋白质结构数据文件（.PDB文件）。
说明：PDB (Protein Data Bank) 是一种标准文件格式, 其中包含原子的坐标等信息, 提交给Protein Data Bank at the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) 的结构都使用这种标准格式。
3.结构解析的过程中产生的.log, .sca, .mtz文件。
说明：收集的原始数据为图片数据，解析结构的第一步就是处理数据。用hkl2000或者hkl3000将x-ray 收集的图像编译转化为数字信息，得到的关键文件有.sca和.log ，log文件会给出hkl2000/hkl3000 处理的过程记录，sca文件是最终处理的输出文件，包含晶体的空间群等信息，带有可以被转化为电子密度图的信息。评价hkl2000/hkl3000处理是否成功的参数有数据完整度，最高分辨率等，一般希望处理出在完整度允许的情况下最高分辨率的数据。因此，可以利用.sca和.log数据从头解析蛋白结构，对交付的结构数据进行验证。
4.提交数据到PDB。
说明：PDB是一个专门收录蛋白质及核酸的三维结构数据的数据库。由Worldwide Protein Data Bank监管。PDB可以经由网络免费访问，是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威，各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的研究成果提交给PDB，同时他们也会对提交的数据进行验证。
5.wwPDB X-ray结构验证报告;
说明：PDB对提交的结构数据进行验证，并出具报告。
6.免费提供论文模板（结构生物学部分）
FAQ
1、客户想得到的结构主要有哪些？
1）蛋白单体；
2）蛋白‐蛋白复合物（难度很大，需要有结合力/亲和力数据，最好nM 级别,分子筛验证其复合物均一性）；
3）蛋白‐小分子复合物（需要有结合力/亲和力数据，最好 nM 级别）；
4）蛋白‐DNA 复合物（难度很大，需要设计十几种不同的 DNA 来结合长结晶，工作量巨大）。
2、拿到结构后的用处？
1）找到蛋白重要氨基酸残基（或者于其他蛋白/小分子结合的重要氨基酸残基），分析相互作用机理，并通过突变验证通过突变研究不同位点对功能的影响；
2) 比对这个蛋白和其他物种已经报道过的结构，分析结合位点的差异，往往是导致特异性的来源；
3）虚拟配体筛选，找到潜在的蛋白的抑制剂/激动剂，测试功能，发现新的具有功能的小分子；
4）根据结构改造蛋白的结构，并对小分子进行改造，提高其特性性和亲和力，后续还可以根据改造以后的小分子跟蛋白再做一些结构研究。
5）可以筛选小分子文库（比如Zinc数据库），获得潜在的相互作用的小分子并在以后的实验中验证。
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