1、 结晶条件筛选
2、 蛋白结晶、与配体共结晶
3、 三维结构解析:Se-MAD法和分子置换
1、客户想得到的结构主要有哪些?
1)蛋白单体;
2)蛋白‐蛋白复合物(难度很大,需要有结合力/亲和力数据,最好nM 级别,分子筛验证其复合物均一性);
3)蛋白‐小分子复合物(需要有结合力/亲和力数据,最好 nM 级别);
4)蛋白‐DNA 复合物(难度很大,需要设计十几种不同的 DNA 来结合长结晶,工作量巨大)。
2、拿到结构后的用处?
1)找到蛋白重要氨基酸残基(或者于其他蛋白/小分子结合的重要氨基酸残基),分析相互作用机理,并通过突变验证通过突变研究不同位点对功能的影响;
2) 比对这个蛋白和其他物种已经报道过的结构,分析结合位点的差异,往往是导致特异性的来源;
3)虚拟配体筛选,找到潜在的蛋白的抑制剂/激动剂,测试功能,发现新的具有功能的小分子;
4)根据结构改造蛋白的结构,并对小分子进行改造,提高其特性性和亲和力,后续还可以根据改造以后的小分子跟蛋白再做一些结构研究。
5)可以筛选小分子文库(比如Zinc数据库),获得潜在的相互作用的小分子并在以后的实验中验证。